東北メディカル・メガバンク 統合データベースdbTMMカタログ dbTMM Catalogue
2.5.3 地域住民コホート岩手サテライト型ベースライン調査 9.3K （2025年7月10日リリース）
本カタログは、地域住民コホート岩手サテライト型9,375人のベースライン調査の基本情報、健康調査情報を格納した東北メディカル・メガバンク 統合データベース dbTMMのリリースである2.5.3版のdbTMMカタログです。
格納されているすべての基本情報、健康調査情報の項目、データ数等の統計量、分布等のグラフを閲覧することができます。
本カタログの統計量、グラフは、9,375人の基本情報、健康調査情報 について、欠損と無回答を除いたデータから作成されました。各項目のデータ数は、欠損と無回答を除いて、カタログ作成に使用されたデータ件数から算出されました。
基本情報の項目について
基本情報として分譲する情報は以下の2項目です。
健康調査情報の項目について
健康調査情報として分譲する情報は以下の3種類です。
| 項目 | 収集対象 |
|---|---|
| 検体検査情報 | 血液・尿検査値 |
| 調査票（生活、食、ストレスとこころ） | 運動、飲酒、喫煙、ストレス、既往歴、食生活、心配の強さ等 |
| 生理機能検査情報 | 問診、身体計測、骨密度、呼吸機能、心電図、眼科検査等 |
検体検査情報の項目
調査票（生活）情報の項目
調査票（食）情報の項目
調査票（ストレスとこころ）情報の項目
生理機能検査情報の項目
SNPアレイ情報について
SNPアレイ情報として分譲する情報はToMMo全ゲノムリファレンスパネルでインピュテーションした個人毎の一塩基多型です。
| プラットフォーム | 人数 |
|---|---|
| Japonica v2アレイ | 6,806人 |
DNAメチル化情報について
| 血液細胞 | 人数 |
|---|---|
| 単球 | 102人 |
| CD4陽性Tリンパ球 | 102人 |
| 好中球 | 93人 |
196人が単球、CD4陽性Tリンパ球、好中球のデータのいずれかのデータを保持しています。
DNA抽出: AllPrep DNA/RNA Micro Kit (Qiagen)
バイサルファイト変換: EZ DNA Methylation-Gold Kit (Zymo Research)
ライブラリ調整: TruSeq DNA Methylation Kit (Illumina)
シーケンス: Illumina HiSeq 2500 or HiSeq X using 125 bp or 150 bp paired-end reads
リードアラインメント: Mapped to GRCh37d5 using NovoAlign v3.02.08
メチル化指標: Beta values (methylated reads / total reads at each CpG site)
遺伝子発現情報について
| 血液細胞 | 人数 |
|---|---|
| 単球 | 102人 |
| CD4陽性Tリンパ球 | 102人 |
| 好中球 | 93人 |
196人が単球、CD4陽性Tリンパ球、好中球のデータのいずれかのデータを保持しています。
RNA抽出: AllPrep DNA/RNA Micro Kit (Qiagen)
cDNA合成: Superscript II Reverse Transcriptase(Thermo Fisher Scientific)(CD4T・単球),
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA kit for Sequencing(TaKaRa)(好中球)
ライブラリ調製: TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2(Illumina)(CD4T・単球), Low Input Library Prep Kit HT(TaKaRa) (好中球)
シーケンス: Illumina HiSeq 2500 125 bp single-end reads
リードアラインメント: Mapped to GRCh37d5 using TopHat v2.0.13
遺伝子アノテーション: Human GENCODE release 19
発現レベル指標: log10(FPKM+0.1)
参考論文: Hachiya T, Furukawa R, Shiwa Y, Ohmomo H, Ono K, Katsuoka F, Nagasaki M, Yasuda J, Fuse N, Kinoshita K, Yamamoto M, Tanno K, Satoh M, Endo R, Sasaki M, Sakata K, Kobayashi S, Ogasawara K, Hitomi J, Sobue K, Shimizu A. Genome-wide identification of inter-individually variable DNA methylation sites improves the efficacy of epigenetic association studies. NPJ Genom Med. 2017 Apr 13;2:11. doi: 10.1038/s41525-017-0016-5. PMID: 29263827; PMCID: PMC5677974.
DNAメチル化解析、遺伝子発現解析に用いた血液細胞のサンプル数について
（数字は人数）