試料・情報の保管状況について Specimen Collection
バイオバンクで保管する試料・情報の概要
当バイオバンクで保管する試料・情報は以下の通りです。
| 項目 | 収集対象 |
|---|---|
| 生体試料 | DNA、血清、血漿、尿、母乳、単核球、EBV不死化細胞、増殖T細胞、唾液、歯垢、舌苔 |
| 情報 | コホート調査における調査票情報、検体検査情報、生理機能検査情報、MRI検査情報、ゲノム配列情報、メタボローム情報、母子手帳情報 |
試料・情報の保管状況
東北メディカル・メガバンク計画では2013年5月から生体試料の収集を開始しました。2017年6月末までに15万人の試料・情報を収集しました。
試料・情報の保管方法
当バイオバンクで収集する試料の保管の方法は以下の通りです。
DNA
血漿・血清・母乳
単核球
LCL・T細胞
尿
唾液・歯垢・舌苔
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 50ng/uL に調整後、分譲 (5uL〜) |
| 保管温度 | 4℃ 長期保存は-80℃ |
| 抽出の方法 | KURABO社 NA-480 PLUS/QIAGEN社 Autopure LS、QIAGEN社 QIAsymphony SP |
| 定量の方法 | Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit |
| 品質チェック | O.D.260/280 |
| 溶媒の種類 | DNA Hydration solution(TE） |
| 分譲用チューブ | greiner社0.5mL deep well plate |
| 品質確認 | PicoGreen試薬または吸光度（Lunatic）による定量：40 ng/µL以上（20 ng/µL以上は条件付きで使用可） 抜き取り検査によるDIN値解析（TapeStation）：DIN値 ≥7.0 (唾液由来DNAの場合は ≥6.0) |
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 700ul x 4本 |
| 保管温度 | -80℃ |
| 品質確認 | Tecan自動分注機または手作業による分注液量、分注本数の確認・記録 |
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 500ul(血液2.5ml相当) x 3本 |
| 保管温度 | 液体窒素 |
| 単核球 分離方法 | 東北メディカル・メガバンク計画（TMM）のコホート参加者の末梢血（5ml、または7ml）、臍帯血（8ml）を採血日当日、または翌日に密度勾配遠心法にて分離。分離後の単核球はセルバンカーに懸濁後、末梢血は2本（5ml）または3本（7ml）、臍帯血は4本の2Dチューブに分注し、バイセルまたはプログラムフリーザーにて-80℃に凍結保管。1晩以上置いた後に液体窒素気相に保管。 |
| 品質確認 | 自動血球計数機による計数：1x106 cells/500 µL（参考値） 液体窒素内保管までの温度管理：一時保管 <–65℃、詰替え/運搬時温度 <–100℃ |
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量 (細胞数) | 500µl (≧ 2x106 cells) |
| 保管条件 | 液体窒素気相 |
| EBV不死化細胞（LCL） 作成方法 | 単核球より分離したCD19陽性細胞（B細胞）に、Epstein-Barr virus (EBV)を感染させ、下記の培地で増殖 【培地組成】 最終濃度20％ Fetal Bovine Serum (FBS, 非働化)、0.1mM Non- Essential amino acids、2mM GlutaMax、0.5mg/mL Penicillin/Streptomycinを添加したRPMI1640培地 |
| 増殖T細胞 作成方法 | 単核球より分離したCD19陰性細胞（T細胞を多く含む）を、抗CD3/CD28抗体でT細胞を活性化させ、下記の培地で増殖 【培地組成】 EBV不死化細胞と同じ培地にIL-2（最終濃度 30U/mL）を要時添加 |
| 品質確認 | 抜き取り検査によるマイコプラズマ感染確認 液体窒素内保管までの温度管理：一時保管 <–65℃、詰替え/運搬時温度 <–100℃ 全ゲノム配列情報との一致確認（マスアレイ） |
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 700ul x 3本 |
| 保管温度 | -80℃ |
| 品質確認 | Tecan自動分注機または手作業による分注液量、分注本数の確認・記録 |
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes もしくは Wheaton CryoFLITE Cryogenic Vials |
|---|---|
| 分注量・分注数 |
|
| 保管温度 | -80℃ |
| 方法 | 採取方法
|
| 品質確認 | 凍結融解の回数を記録 抜き取りでメタゲノムDNAを抽出/精製DNA収量の参考値（PicoGreen試薬による定量）：唾液50 µlから200-1000 ng、歯垢懸濁液200 µlから5-30 ng、舌苔懸濁液200 µlから5-30 ng） |
各々の検体の処理、入出庫の管理はLABVANTAGE Solutions社のLabVantageをカスタマイズしたLIMSを使用し上記2Dチューブのバーコードを利用して行っています。また、血液細胞以外の試料の分注はTECAN社のFreedom EVO自動分注機を用いて自動化しています。
（Minegishi, N. et al. Biobank Establishment and Sample Management in the Tohoku Medical Megabank Project. Tohoku J Exp Med. 248, 45–55, 2019.）
当バイオバンクで収集する情報である、検体検査情報、調査票情報、生理機能検査情報、MRI検査情報、ゲノム配列情報、メタボローム情報、診療・介護情報は、匿名化されたうえで、スーパーコンピュータのデータバンク区画にある統合データベースに保管しています。