試料・情報の保管状況について Specimen Collection
バイオバンクで保管する試料・情報の概要
当バイオバンクで保管する試料・情報は以下の通りです。
| 項目 | 収集対象 |
|---|---|
| 生体試料 | DNA、血清、血漿、尿、母乳、単核球、EBV不死化細胞、増殖T細胞、唾液、歯垢、舌苔 |
| 情報 | コホート調査における調査票情報、検体検査情報、生理機能検査情報、MRI検査情報、ゲノム配列情報、メタボローム情報、母子手帳情報 |
試料・情報の保管状況
東北メディカル・メガバンク計画では2013年5月から生体試料の収集を開始しました。2017年6月末までに15万人の試料・情報を収集しました。
試料・情報の採取・保管方法
当バイオバンクで収集する試料の保管の方法は以下の通りです。
DNA
血清
血漿
母乳
単核球
LCL・T細胞
尿
唾液・歯垢・舌苔
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 50ng/uL に調整後、分譲 (5uL〜) |
| 保管温度 | 4℃ 長期保存は-80℃ |
| 抽出の方法 | KURABO社 NA-480 PLUS/QIAGEN社 Autopure LS、QIAGEN社 QIAsymphony SP |
| 定量の方法 | Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit |
| 品質チェック | O.D.260/280 |
| 溶媒の種類 | DNA Hydration solution(TE） |
| 分譲用チューブ | greiner社0.5mL deep well plate |
| 品質確認 | PicoGreen試薬または吸光度（Lunatic）による定量：40 ng/µL以上（20 ng/µL以上は条件付きで使用可） 抜き取り検査によるDIN値解析（TapeStation）：DIN値 ≥7.0 (唾液由来DNAの場合は ≥6.0) |
| 試料の種類 | 試料の種類 | 血清 |
|---|---|---|
| 試料の採取 | 採取容器の種類 | プレイン（凝固促進フィルム＋分離ゲル） |
| 採取容器の商品名 | ベノジェクトII 真空採血管（テルモ） 成人：VP-P100K（10ｍL） 児：VP-P070K（7ｍL） | |
| 収集から処理までの間 | 遠心分離前（時間） | ToMMo成人：採血当日処理 ToMMo児：指定なし（検査機関からの返却後） IMM：採血翌日処理 |
| 遠心分離前（温度） | 4℃ | |
| 遠心分離 1回目 | 遠心分離（遠心力） | 1,700 x g |
| 遠心分離（時間） | 10分 | |
| 遠心分離（温度） | 4℃ | |
| 遠心分離（ブレーキ） | ブレーキあり | |
| 遠心分離 2回目 | 遠心分離（遠心力） 2回目 | 2回目なし |
| 遠心分離（時間） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心分離（温度） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心分離（ブレーキ） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心後から保管までの間 | 遠心分離後（時間） | ASAP |
| 遠心分離後（温度） | 4℃ | |
| 長期保管 | 保管容器 | クライオチューブ |
| 保管容器の商品名 | Matrix 1.0mL ScrewTop Tubes（Thermo Scientific、3741） | |
| 分注量 | 700 µL | |
| 保管温度 | -80℃ |
※この表はAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「バイオバンクの利活用促進に向けた高品質な管理・運営体制の構築」で作成された「SOP開示用雛形」に基づいています。
| 試料の種類 | 試料の種類 | 血漿 |
|---|---|---|
| 試料の採取 | 採取容器の種類 | EDTA採血管 |
| 採取容器の商品名 | ベノジェクトⅡ真空採血管（テルモ） 成人：VP-NA070K（7ｍL） 児：VP-NA050K（5ｍL) | |
| 収集から処理までの間 | 遠心分離前（時間） | ToMMo：採血当日処理 IMM：採血翌日処理 |
| 遠心分離前（温度） | 4℃ | |
| 遠心分離 1回目 | 遠心分離（遠心力） | 2,330 x g |
| 遠心分離（時間） | 10分 | |
| 遠心分離（温度） | 4℃ | |
| 遠心分離（ブレーキ） | ブレーキなし | |
| 遠心分離 2回目 | 遠心分離（遠心力） 2回目 | 2回目なし |
| 遠心分離（時間） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心分離（温度） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心分離（ブレーキ） 2回目 | 2回目なし | |
| 遠心後から保管までの間 | 遠心分離後（時間） | ASAP |
| 遠心分離後（温度） | 4℃ | |
| 長期保管 | 保管容器 | クライオチューブ |
| 保管容器の商品名 | Matrix 1.0mL ScrewTop Tubes（Thermo Scientific、3741） | |
| 分注量 | 700 µL | |
| 保管温度 | -80℃ |
※この表はAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「バイオバンクの利活用促進に向けた高品質な管理・運営体制の構築」で作成された「SOP開示用雛形」に基づいています。
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量・分注数 | 700ul x 4本 |
| 保管温度 | -80℃ |
| 品質確認 | Tecan自動分注機または手作業による分注液量、分注本数の確認・記録 |
| 試料の種類 | 試料の種類 | 末梢血単核球（PBMC） |
|---|---|---|
| 試料の採取 | 採取容器の種類 | ヘパリン採血管 ⇒ クエン酸採血管 |
| 採取容器の商品名 | ベノジェクトII 真空採血管（テルモ） ToMMo：VP-H070K（7ｍL） IMM：VP-H050K（5ｍL) 初回遠心時にBD バキュテイナ® CPT™採血管（日本ベクトン・ディッキンソン、362761）に移し替え | |
| 収集から処理までの間 | 遠心分離前（時間） | ToMMo：採血当日 or 翌日処理 IMM：採血翌日処理 |
| 遠心分離前（温度） | 室温（25℃） | |
| 遠心分離 1回目 | 分離法の種類 | Ficoll法 |
| 遠心分離前（1回目）の処理（使用検体） | 全血 | |
| 遠心分離前（1回目）の処理（希釈方法） | なし | |
| 遠心分離（遠心力） | 1800 x g | |
| 遠心分離（時間） | 20-30分 | |
| 遠心分離（温度） | 20℃ | |
| 遠心分離（ブレーキ） | ブレーキあり | |
| 遠心分離 2回目 | 遠心分離前（2回目）の処理（洗浄バッファー） | PBS (1% FBS) |
| 遠心分離（遠心力） 2回目 | 250 x g | |
| 遠心分離（時間） 2回目 | 10分 | |
| 遠心分離（温度） 2回目 | 20℃ | |
| 遠心分離（ブレーキ） 2回目 | ブレーキあり | |
| 遠心分離 3回目 | 遠心分離前（3回目）の処理（洗浄バッファー） | PBS (1% FBS) |
| 遠心分離（遠心力） 3回目 | 250 x g | |
| 遠心分離（時間） 3回目 | 10分 | |
| 遠心分離（温度） 3回目 | 20℃ | |
| 遠心分離（ブレーキ） 3回目 | ブレーキあり | |
| 遠心後から保管までの間 | 遠心分離後（時間） | 指定なし |
| 遠心分離後（温度） | –80℃（細胞凍結処理容器に入れて） | |
| 長期保管 | 凍結保存液（組成もしくは商品名） | CELLBANKER® 1 plus |
| 保管容器 | クライオチューブ | |
| 保管容器の商品名 | Matrix 1.0mL ScrewTop Tubes（Thermo Scientific、3741） | |
| 分注量 | 500 µL | |
| 保管温度 | 液体窒素（気相） |
※この表はAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「バイオバンクの利活用促進に向けた高品質な管理・運営体制の構築」で作成された「SOP開示用雛形」に基づいています。
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes |
|---|---|
| 分注量 (細胞数) | 500µl (≧ 2x106 cells) |
| 保管条件 | 液体窒素気相 |
| EBV不死化細胞（LCL） 作成方法 | 単核球より分離したCD19陽性細胞（B細胞）に、Epstein-Barr virus (EBV)を感染させ、下記の培地で増殖 【培地組成】 最終濃度20％ Fetal Bovine Serum (FBS, 非働化)、0.1mM Non- Essential amino acids、2mM GlutaMax、0.5mg/mL Penicillin/Streptomycinを添加したRPMI1640培地 |
| 増殖T細胞 作成方法 | 単核球より分離したCD19陰性細胞（T細胞を多く含む）を、抗CD3/CD28抗体でT細胞を活性化させ、下記の培地で増殖 【培地組成】 EBV不死化細胞と同じ培地にIL-2（最終濃度 30U/mL）を要時添加 |
| 品質確認 | 抜き取り検査によるマイコプラズマ感染確認 液体窒素内保管までの温度管理：一時保管 <–65℃、詰替え/運搬時温度 <–100℃ 全ゲノム配列情報との一致確認（マスアレイ） |
| 試料の種類 | 試料の種類 | 尿 |
|---|---|---|
| 試料の採取 | 分注容器の種類 | 滅菌クリアレンスピッツ |
| 分注容器の商品名 | Ｋレジンチューブ U-1・S-1(大扇産業) | |
| 採取時間 | 随時尿（時間記録なし） | |
| 収集と処理の間の遅延 | 遠心分離前（時間） | ToMMo：当日処理 IMM：指定なし（検査機関からの返却後） |
| 遠心分離前（温度） | 4℃ | |
| 遠心分離 1回目 | 遠心分離（遠心力） | 遠心なし |
| 遠心分離（時間） | 遠心なし | |
| 遠心分離（温度） | 遠心なし | |
| 遠心分離（ブレーキ） | 遠心なし | |
| 遠心分離 2回目 | 遠心分離（遠心力） 2回目 | 遠心なし |
| 遠心分離（時間） 2回目 | 遠心なし | |
| 遠心分離（温度） 2回目 | 遠心なし | |
| 遠心分離（ブレーキ） 2回目 | 遠心なし | |
| 遠心後遅延 | 遠心分離後（時間） | 遠心なし |
| 遠心分離後（温度） | 遠心なし | |
| 長期保存 | 保管（容器） | クライオチューブ |
| 保管容器の商品名 | Matrix 1.0mL ScrewTop Tubes（Thermo Scientific、3741） | |
| 分注量 | 700 µL | |
| 保管（温度） | -80℃ |
※この表はAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業「バイオバンクの利活用促進に向けた高品質な管理・運営体制の構築」で作成された「SOP開示用雛形」に基づいています。
| 保管チューブ | Thermo Scientific社 Matrix 2D Barcoded Storage Tubes もしくは Wheaton CryoFLITE Cryogenic Vials |
|---|---|
| 分注量・分注数 |
|
| 保管温度 | -80℃ |
| 方法 | 採取方法
|
| 品質確認 | 凍結融解の回数を記録 抜き取りでメタゲノムDNAを抽出/精製DNA収量の参考値（PicoGreen試薬による定量）：唾液50 µlから200-1000 ng、歯垢懸濁液200 µlから5-30 ng、舌苔懸濁液200 µlから5-30 ng） |
各々の検体の処理、入出庫の管理はLABVANTAGE Solutions社のLabVantageをカスタマイズしたLIMSを使用し上記2Dチューブのバーコードを利用して行っています。また、血液細胞以外の試料の分注はTECAN社のFreedom EVO自動分注機を用いて自動化しています。
（Minegishi, N. et al. Biobank Establishment and Sample Management in the Tohoku Medical Megabank Project. Tohoku J Exp Med. 248, 45–55, 2019.）
当バイオバンクで収集する情報である、検体検査情報、調査票情報、生理機能検査情報、MRI検査情報、ゲノム配列情報、メタボローム情報、診療・介護情報は、匿名化されたうえで、スーパーコンピュータのデータバンク区画にある統合データベースに保管しています。